拍呱呱CQ国自然新热点-m5C！学会这个能让你的生信分析文章弯道超车，7分+在元宇宙里的应用（国自然新热点-m5C！学会这个能让你的生信分析文章弯道超车，7分+）
尔云间 一个专门做科研的团队
原创 eryun 云生信学生物信息学
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看到国自然新热点这几个字，你是不是立马点进来了？[奸笑]
作为混迹在科研圈的一员，当然要走（不）在（断）时（追）尚（踪）前（热）沿（点）！不然会被老板说“没想法”，分分钟被后起之秀拍在沙滩上…
话说近几年m6A方向真的是火出天际，国自然项目、SCI文章铺天盖地，这种情况下要在m6A方向找新的分析思路，可能会损失大把的秀发[流泪]，太难了！
所以，今天决定另辟蹊径，找一个国自然新热点-m5C介绍给你，同样是RNA甲基化修饰，但目前m5C相关的发文数量只有m6A的十分之一哦！绝对会让你的生信分析文章弯道超车！
不知道怎么分析？私信小编吧，超多个性化、创新性高的分析思路，一起学习！
欢迎来撩(*￣?￣*)
今天先看一下m5C和肿瘤微环境的分析思路，m5C相关的其他思路我们后面再聊！
获取原文文献，私信小编
研究思路
本文从TCGA和GEO数据库下载转录组数据和临床资料，采用Kaplan-Meier曲线分析、log-rank检验、单因素和多因素Cox回归、ROC曲线分析评估预后因素，构建基于m5C调控因子的m5C修饰模式，分析不同模式在前列腺癌（PRAD）的BCR风险、肿瘤微环境(TME)和免疫治疗反应方面的差异。
主要研究结果
1. 分析17个m5C调控因子并评估基于m5C的修饰模式
作者评估了17个m5C调控因子（包括11个writers，4个erasers和2个readers在PRAD和对照组织中的表达情况，发现大多数m5C的writers和readers在PRAD中高表达，除TET1和TET3外的erasers在PRAD中显著低表达(图1A)。还分析了m5C调控因子的互作网络、mRNA表达的相关性以及预后价值(图1B)。
接下来，作者通过无监督聚类，基于17个m5C调控因子的表达对患者进行分类，最终确定了两种m5C修饰模式（A型和B型），B型在非BCR生存时间方面表现出优势(图1C)。通过GSVA富集分析揭示了两种m5C修饰模式之间不同的生物过程和潜在的信号通路(图1D)，其中A型主要富集在一些致癌通路和免疫相关通路。
关键结果图1.分析17个m5C调控因子并评估基于m5C的修饰模式
2. 不同m5C修饰模式的免疫浸润情况和免疫检查点表达
基于ESTIMATE算法的评估显示A型肿瘤纯度较低，免疫评分较高，基质评分较高。使用ssGSEA算法评估样本中不同免疫细胞的丰度，结果显示A型中几乎所有类型的免疫细胞都具有更高的丰度。另外，多种免疫检查点在A型中的表达高于B型，说明A型患者可以从ICB治疗中获益(图2)。
关键结果图2.肿瘤微环境和免疫检查点分析
3. m5C Eraser TET2与浸润的免疫细胞密切相关
通过TIMER数据库进行了Spearman相关分析，发现m5C Eraser TET2与多种免疫细胞具有显著的相关性(图3A)。免疫组化染色检测PRAD和癌旁样本中TET2的表达，发现TET2在正常前列腺组织中的表达高于PRAD (图3B)。
关键结果图3. TET2与免疫细胞的相关性和免疫组化检测
4. 构建基于m5C修饰模式的风险评分并分析其预后价值
作者从两种m5C的修饰模式中筛选出差异基因，利用单因素、多因素COX和LASSO Cox回归算法鉴定出33个基因，基于这33个基因建立的函数计算风险评分，将患者分为两组（高、低风险组）。Kaplan-Meier曲线分析和log-rank检验评估两组间非BCR生存时间的差异(图4B)。单因素、多因素COX分析、ROC曲线分析等评估预后价值，以及m5C修饰特征与临床特征之间的关联 (图4G、H)。
关键结果图4. m5C修饰标记和预后分析
5. m5C修饰特征与TME及免疫治疗的相关性
基于m5C修饰模式的风险评分与大多数免疫细胞的丰度呈正相关。另外，所有免疫检查点在高风险组呈现高表达。
6. 利用GEO数据集进行验证
将GEO数据库中的GSE70770数据集作为测试数据集，同样计算患者的风险评分，将患者分为两组，分析m5C修饰特征与临床特征、预后的相关性，以及免疫细胞浸润情况和免疫检查点的表达。
总结
这篇文章的创新点就是基于m5C调控因子构建了风险评分，再分析与患者预后和免疫浸润等的关系。
在m6A的分析思路枯竭的情况下，不如换个新热点-m5C分析，不仅能提高创新性，还能为后续的研究、申请课题开辟新方向，提供疾病名称，或许就能帮你评估哦！
文献出处
Xu Z, Chen S, Zhang Y, Liu R, Chen M. Roles of m5C RNA Modification Patterns in Biochemical Recurrence and Tumor Microenvironment Characterization of Prostate Adenocarcinoma. Front Immunol. 2022 May 4;13:869759. doi: 10.3389/fimmu.2022.869759. PMID: 35603206.
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